屎腸球菌 (Enterococcus faecium)
屎腸球菌是一種革蘭氏陽性球菌，與醫療照護相關感染密切相關，特別是在免疫功能低下與長期住院患者中極為常見。其對萬古黴素的抗藥性迅速上升，使得具抗藥性的屎腸球菌（vancomycin resistant E. faecium, VREfm）成為全球公共衛生的關鍵議題之一。
在台灣，我們透過TSAR（Taiwan Surveillance of Antimicrobial Resistance）全國性監測計畫，自2004至2018年間分析了1,113株臨床分離株，其中229株進行全基因體定序。結果顯示，ST17和ST78是主要流行克隆（clone），尤其ST17比例從14.6%大幅上升至47.5%。大多數菌株帶有vanA基因，嵌於Tn1546轉位子中，其中type II變異型（含IS1678）自2008年起在台灣成為優勢型別，顯示其具高度基因可動性與擴散潛力。
更令人關注的是，這些VRE菌株日益與菌血症有關。我們分析了TSAR從2002至2020蒐集到的菌血症菌株，發現E. faecium 在菌血症的比例自2002–2010年的0.8%，上升至2012–2020年的1.8%（P < 0.001），且2020年近一半（47.4%）的血液分離株對萬古黴素具有抗藥性。這一趨勢不同於美國與中國的觀察，顯示台灣VRE感染持續上升，臨床治療與感染控制的壓力日增。
這些發現已刊登於 Journal of Global Antimicrobial Resistance 及 Microbiology Spectrum，強調台灣在VREfm基因監測與抗藥性控制方面的重要性，也指出加強抗生素管理政策的迫切性。
參考文獻：
1. Huang YC, Chen FJ, Huang IW, Wu HC, Kuo SC, Huang TW, Lauderdale TL. Clonal expansion of Tn1546-like transposon-carrying vancomycin-resistant Enterococcus faecium, a nationwide study in Taiwan, 2004–2018. J Glob Antimicrob Resist. 2024 Jul 10:S2213-7165(24)00117-6. https://doi.org/10.1016/j.jgar.2024.07.003
2. Huang YC, Kuo SC, Fang CT, Lauderdale TL. Changing epidemiology and antimicrobial resistance of bacteria causing bacteremia in Taiwan: 2002–2020. Microbiol Spectr. 2024;12(8):e00608-24. https://doi.org/10.1128/spectrum.00608-24
糞腸球菌 (Enterococcus faecalis)
糞腸球菌（E. faecalis）為人類腸道正常菌叢的一部分，但也常引發泌尿道感染、心內膜炎及傷口感染等臨床疾病。近年來，其對利奈唑胺（linezolid）這類關鍵抗生素的抗藥性逐漸浮現，特別是攜帶optrA抗藥性基因的菌株已在多個領域包括動物糞便、廢水、以及臨床檢體被偵測到，顯示可能存在人畜共通傳播的風險。
我們近期整合人類臨床檢體與市售肉品來源之E. faecalis，針對optrA基因的流行進行初步比對，發現此抗藥性基因可透過可動遺傳因子（Mobile genetic elements，MGE）在不同菌株之間傳播，具有跨宿主傳播的潛力。此現象不僅顯示抗藥性問題不再侷限於醫療機構，亦涉及食品鏈與農業抗生素使用的議題，凸顯其公共衛生重要性。
目前此研究正透過全基因體定序與演化分析，進一步釐清人類與動物來源菌株之親緣關係與基因流動網絡，預期將有助於建立具體的防治建議，並強化跨領域（One Health）之抗藥性監測與政策制定。