腸道沙門氏菌為革蘭氏陰性桿菌，兼性厭氧，有鞭毛，屬於非傷寒沙門氏菌，廣泛散佈於動物界，幾乎於所有動物品種都曾分離出，為人畜共通病原菌。
沙門氏菌可分兩大類：一類包括傷寒及副傷寒，皆屬法定傳染病。第二類非傷寒沙門氏菌較常見，感染後不見得會發病，臨床症狀亦會隨不同的血清型而有不同的表現，從無症狀的帶原，到菌血症併發移轉性感染等輕重不一的症狀，疾病的嚴重程度也和個人的抵抗力有關。一般感染多發生於小孩、老人及免疫低下的病人。蛋、家禽和肉類產品是腸道沙門氏菌主要傳播媒介，臨床病例主要是食用了被動物或人類糞便污染的水或食物而造成感染，少數為接觸寵物而感染。
沙門氏桿菌屬可分兩種Salmonella. bongori 與Salmonella enterica；而Salmonella enterica可進一步分為六種亞型 S. enterica subsp. enterica、S. enterica subsp.salamae、S. enterica subsp. arizonae、S. enterica subsp. diarizonae、S. enterica subsp. houtenae、S. enterica subsp. Indica。細菌分型可提供菌株間的遺傳關聯性，提供流行病學研究調查之用。沙門氏菌具有複雜的抗原結構，其抗原可分為菌體抗原（O）、鞭毛抗原（H） 和表面抗原（Vi）三種；Kauffman -White 血清學分類即是依據此三種抗原訂定。腸道沙門氏菌大約有2000個以上不同的血清型。目前已可透過分子生物方式辨別超過2600種沙門氏桿菌血清型，常見之分型有脈衝式電泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis;PFGE)、多重基因序列分型(Multilocus sequence typing ,MLST)、全基因體定序(Whole genome sequence, WGS) 或利用PCR針對不同基因序列增幅後再進行序列分析。而脈衝式電泳為分析與比較菌株基因差異的黃金準則，亦為美國疾病控制與預防中心(Centers for Disease Control and Prevention，CDC) 與美國農業部 (United States Department of Agriculture，USDA) 常用於分析人類與動物共通病原與特定感染原的來源。
由於沙門氏菌不斷地演化，造成毒性增強同時產生多重抗藥性，已成為公共衛生的一大難題。20世紀後半已經發生人類感染食源性Salmonella enterica 血清型 Enteriditis以及多重抗藥性Salmonella enterica 血清型Typhimurium的案例。
Reference:
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臨床微生物學: 細菌與黴菌學。作者：吳雪霞， 周以正， 周如文， 胡文熙， 洪貴香， 張長泉， 張益銍， 張誌， 孫培倫， 彭健芳， 黃小萍， 廖淑貞， 禇佩瑜， 鄧麗珍， 謝素娥， 蘇玲慧
TSAR 研究成果：
Lee YJ, Chang YC, Lee IH, Ho KH, Fang SB, Lauderdale TL, Chen TW, Chen KC, Huang CH, Huang TW. Persistence and dynamic structures of diverse cephalosporinase genes in nontyphoidal Salmonella in cross-sectional surveillance in Taiwan. Int J Antimicrob Agents. 2023 Oct;62(4):106944. doi: 10.1016/j.ijantimicag.2023.106944. Epub 2023 Aug 4. PMID: 37543120.