肺炎鏈球菌是造成兒童與老年人肺炎、敗血症與腦膜炎的主要病原菌。隨著肺炎鏈球菌結合型疫苗（PCV）在台灣的廣泛接種，疫苗涵蓋的血清型逐漸減少，但也促使非疫苗型（NVT）菌株取而代之，進一步改變了疾病樣貌與抗藥性趨勢。
為深入掌握這些變化，我們透過TSAR全國性抗藥性監測系統，自2006年至2022年間收集具臨床重要性的侵襲性菌株，並與英國Sanger研究所合作進行全基因體定序（WGS）。WGS的導入提供傳統血清型分類無法捕捉的高解析資訊，使我們能精確辨識菌株的血清型、克隆群、抗藥基因與演化歷程，進一步追蹤「血清型轉換（serotype switching）」與多重抗藥性菌株的流行動態。
我們的研究發現，台灣肺炎鏈球菌的血清型變遷主要透過兩種方式進行：一是非疫苗型菌株的擴張，如血清型15B/C；二是原有疫苗型菌株透過基因重組，轉換為非疫苗型的新血清型，最常見於GPSC6群。此外，部分高抗藥性克隆（如GPSC1、GPSC9）在老年人群中仍持續流行，增加臨床治療的難度。
這些結果顯示，僅依賴血清型設計的疫苗策略可能無法應對長期挑戰，未來應考慮開發蛋白質疫苗或泛型疫苗，以提升對多樣菌株的保護力。WGS將持續作為關鍵工具，用於監測新興菌株與支援台灣疫苗政策的更新。